Podemos distinguir tres tipos diferentes de auditorías. A saber,

• Auditoría de primera parte o interna: Es aquella que realiza la organización sobre sí misma. Es cuando una organización examina sus propios sistemas, procedimientos y actividades y determina si son adecuados y si se están cumpliendo. Esta es la más importante de todas las auditorias porque provee a la dirección con información de la efectividad y eficiencia de sus sistemas, si las políticas están siendo cumplidas, y que cambios pueden ser necesarios. La auditoría interna no tiene que cubrir un sistema completo, se puede cubrir partes del sistema.
• Auditoría de segunda parte: Es aquella que se realiza por una organización, para sus propios propósitos, sobre otra organización. Usualmente un cliente audita a un proveedor o proveedor potencial.
• Auditoría de tercera parte: Es aquella que es llevada a cabo por una organización independiente sobre una organización. Usualmente la realiza una entidad certificadora de tercera parte calificada. La auditoría del organismo certificador tiene por objeto conseguir por parte de dicho organismo una marca de conformidad que certifique que la empresa tiene implantado un Sistema de Gestión de la Calidad de acuerdo con un modelo determinado (por ejemplo, según el modelo ISO 9001, según el modelo EFQM, etc.).